يتكون الهيكل الإداري لأمانة الشؤون العلمية من  إدارتين  وثلاثة  أقسام،  على  رأس  كل  إدارة  مدير  مسئول  لدى  أمين  الشؤون العلمية، وعلى رأس كل قسم مساعدان  لأمين الشؤون العلمية وهى على النحو التالي

1. إدارة القبول والتسجيل

تختص بمتابعة وتنفيذ قرارات لجنة القبول واتخاذ كافة الإجراءات اللازمة فيما يختص بقبول وتسجيل الطلاب المقبولين بالجامعة

.2إدارة مساعدي التدريس

. تضطلع بمهمة الإشراف على تعيين  مساعدي التدريس وتأهيلهم  وتدريبهم  داخليا وخارجيا، بالإضافة إلى الإشراف على خدماتهم وتبني قضاياهم ومشاكلهم والسعي لحلها

3. قسم الامتحانات:

يختص بمهمة الإشراف على الامتحانات بالجامعة وتحضير واعتماد الشهادات العلمية والفخرية والجـوائز، وإعداد شهادات التخرج وتسليمها في حفل دأبت الجامعة على إقامته سنويا

4. قسم مجلس الأساتذة

يختص بمتابعة وتنفيذ  قرارات  وتوصيات  مجلس  الأساتذة  والاحتفاظ  بسجل  دائم  لوقائع  الاجتماعات

5. قسم الإحصاء والمعلومات :

:يختص بالمهام الآتية

- الإشراف على طباعة النظم الأساسية وتعديلها وفقا للتطورات التي تحدث في الجامعة ووفقا لتعديل قانون الجامعة.
- الإشراف على مهمة إصدار دليل الجامعة سنويا وإصدارات الجامعة الرسمية.
- الإشراف على كافة الإحصاءات الخاصة بالشؤون العلمية.